Un grupo de investigadores de la Universidad de Yale (en Estados Unidos) ha desarrollado una nueva herramienta de datos. Dicha herramienta ha revelado los tipos específicos de células inmunes asociadas con un mayor riesgo de muerte por COVID19, tal y como han informado en la revista “Nature Biotechnology”.
Se sabe que las células del sistema inmunitario, como las células T y las células B productoras de anticuerpos, proporcionan una amplia colección contra patógenos como el SARS-CoV-2, el virus que causa la COVID19. Y los análisis de datos a gran escala de millones de células han proporcionado a los científicos una amplia visión de la respuesta del sistema inmunitario a este virus en particular.
Se tata de pistas sobre culpables de los casos graves de COVID19
Aunque también han descubierto que algunas respuestas de las células inmunitarias (incluso los tipos de células que suelen ser protectoras) pueden desencadenar, ocasionalmente, una inflamación mortal y la muerte de los pacientes.
Otras herramientas de análisis de datos que permiten examinar hasta el nivel de las células individuales han dado a los científicos algunas pistas sobre los culpables de los casos graves de COVID19. Sin embargo, estas visiones tan centradas a menudo, carecen del contexto de agrupaciones celulares concretas que podrían causar resultados mejores o peores.
La heramienta Multiscale “PHATE”, es una herramienta de aprendizaje desarrollada en Yale, permite a los investigadores pasar por todas las resoluciones de datos, desde millones de células hasta una sola célula, en cuestión de minutos. Dicha tecnología se basa en un algoritmo llamado “PHATE”, creado en el laboratorio de Smita Krishnaswamy, profesora asociada de genética e informática, que supera muchas de las deficiencias de las herramientas de visualizaciones de datos existentes.
Los niveles elevados de células T parecían proteger contra los malos resultados
“Los algoritmos de aprendizaje automático suelen centrarse en una sola vista de resolución de los datos, ignorando la información que puede encontrarse en otras vistas más enfocadas…Por esta razón, creamos Multiscale ‘PHATE’, que permite a los usuarios hacer zoom y centrarse en subconjuntos específicos de sus datos para realizar un análisis más detallado”, tal y como ha afirmado Manik Kuchroo, candidato a doctor en la Facultad de Medicina de Yale, quien ayudó a desarrollar la tecnología y es coautor del artículo.
Kuchrro, quien trabaja en el laboratorio de Krishnaswamy, utilizó la nueva herramienta para analizar 55 millones de células sanguíneas tomadas de 163 pacientes ingresados en el Hospital Yale New Haven, con casos graves de COVID19.
A grandes rasgos, descubrieron que los niveles elevados de células T parecían proteger contra los malos resultados, mientras que los niveles elevados de dos tipos de glóbulos blancos, conocidos como granulocitos y monocitos, se asociaban a niveles más altos de mortalidad. Sin embargo, cuando los investigadores profundizaron en un nivel más granular, descubrieron que el TH17, una célula T auxiliar, también se asociaba a una mayor mortalidad cuando se agrupaba con las células del sistema inmunitario IL-17 e IFNG.
