La secuenciación del genoma representa una gran oportunidad para detectar enfermedades y padecimientos en los individuos aún antes de su nacimiento, situación que podría facilitar una atención médica más personalizada. No obstante, existen quienes consideran que tal cantidad de información podría también acarrear problemas éticos y económicos en un futuro.

En este sentido, el Hastings Center publicó recientemente un reporte donde se opone terminantemente a instaurar la secuenciación del genoma como una práctica rutinaria para recién nacidos. De acuerdo con los expertos de la institución, incluso cuando la genética puede ser una herramienta muy poderosa para el cuidado de la salud, la disciplina aún no madura completamente y las consecuencias de sus usos todavía no han sido probadas fuera de casos muy específicos.

A pesar de lo anterior, los autores de la disertación consideran a la secuenciación del genoma como una herramienta muy útil para el diagnóstico de padecimientos desconocidos en recién nacidos que presentan una sintomatología difícil de identificar.

Entre los temores de los expertos derivados de una secuenciación del genoma generalizada se encuentra la posibilidad de recabar información sin relevancia clínica, pero capaz de generar ansiedad de forma innecesaria en los padres de familia. Asimismo, consideran que un programa de tal magnitud podría terminar acaparando todos los fondos de salud públicos y reduciendo la efectividad de otras medidas preventivas de mayor utilidad en el largo plazo.

Otra de las preocupaciones éticas que han surgido en el debate sobre la secuenciación del genoma  generalizada es la posible discriminación en la industria médica. Particularmente se teme que las compañías de seguros pongan limitantes todavía más estrictas a las personas con alto riesgo genético de padecer enfermedades costosas o mortales, incluso si los factores ambientales no son propicios para desarrollar dichos padecimientos.

Por otro lado, los defensores de la secuenciación del genoma como una práctica rutinaria afirman que de esta forma se podría abrir la oportunidad a una era de medicina personalizada, donde la industria de la salud y las personas inviertan únicamente en tratamientos preventivos de las enfermedades que más riesgo tienen los individuos de desarrollar.